Este material es una introducción a las aplicaciones del lenguaje Perl5 y su entorno en la bioinformática y la biología computacional, el campo donde se aplican algoritmos para resolver problemas en torno a secuencias biológicas, genomas y sus anotaciones. En este contexto es habitual manejar grandes ficheros de datos y para ese tipo de tareas Perl es muy poderoso y eficiente.
Aunque Perl5, actualmente en su versión 5.26.0, es la rama madura del lenguaje, desde finales de 2015 se ha liberado Perl6, que se puede considerar como otro lenguaje independiente adecuado para las arquitecturas multicore actuales. Con la excepción de la sección 5, donde se muestra cómo aprovechar código Perl5 desde Perl6, por compatibilidad, este curso se centra en Perl5.
Este curso es para alumnos que tengan ya algunas nociones de programación, de algoritmos y de manejo de sistemas UNIX/Linux, por lo que apenas se discuten conceptos, más bien se muestran ejemplos y aplicaciones prácticas.
El material se basa fundamentalmente en el utilizado en la licenciatura en Ciencias Genómicas de la Universidad Nacional Autónoma de México entre 2005 y 2007. Desde entonces he añadido ejemplos resultantes del trabajo con colegas (P Vinuesa, S Janga, O Morón, A Sebastián, C Cantalapiedra, I Yruela y R Sancho). En 2017 revisé de nuevo los enlaces y agregué referencias a Perl6.
Otro curso relacionado es el Taller de (bio)perl.
Os cruzaréis con fragmentos en inglés repartidos entre las páginas del curso; como muchos otros lenguajes de programación, Perl está inspirado en la lengua inglesa, así que un poco de inglés es casi imprescindible para dominarlo.
Agradezco que me enviéis comentarios o errores a la dirección de correo bcontreras_arroba_eead.csic.es.