El XML es un lenguaje descriptivo que sirve para crear documentos estructurados y representar con ellos datos abstractos. Se está usando cada vez más como formato para distribuir documentos e información en bioinformática, ya que se pueden manipular desde muchas plataformas y lenguajes de programación. Esto sería un ejemplo de documento XML:
<?xml version='1.0' standalone='yes' ?> <documento> <encabezado> <titulo>Módulos sobre XML en Perl</titulo> <autor>CPAN</autor> </encabezado> <texto> XML::API Perl extension for creating XML documents XML-API-0.06 - 20 Jul 2005 - Mark Lawrence XML::ASCX12 ASCX12 EDI to XML Module XML-ASCX12-0.03 - 28 Sep 2004 - Brian Kaney XML::ASX An ASX file - methods for everything from <ASX> to </ASX> XML-ASX-0.01 - 26 Jun 2002 - Allen Day XML::ApacheFOP Access Apache FOP from Perl to create PDF files using XSL-FO. XML-ApacheFOP-0.01 - 01 Jun 2005 - Ken Prows ... </texto> </documento>
En CPAN hay muchos paquetes para manipular documentos XML. Uno de los sencillos es XML::Simple.
Otro formato alternatico para intercambiar datos entre aplicaciones es JSON, que se puede manejar y convertir a estructuras de datos con ayuda de módulos como JSON.