Otros módulos y programas

Aquí enumero algunos módulos y programas escritos en Perl que me han resultado muy útiles en ocasiones:

• FindBin, módulo core para obtener en tiempo real la ruta completa de un script .

• Parallel::ForkManager, para distribuir trabajos en entornos multicore, como por ejemplo en el script _split_blast.pl, que forma parte de la suite GET_HOMOLOGUES, escrita mayormente en Perl5.

• kseq::klib para leer de manera eficiente ficheros FASTQ.

• Statistics-R para interaccionar con el entorno R, muy poderoso en estadística e inteligencia artificial.

• Spreadsheet::ParseXLSX para leer datos de hojas Excel XLSX, como en este ejemplo

• AI::MXNet es una interfaz para llamar desde Perl5 a la biblioteca de Aprendizaje Profundo MXNet.

• El programa mview sirve para representar en forma de alineamiento múltiple la salida de BLAST o de cualquier otro programa que genera formatos FASTA. Por ejemplo, este archivo de salida de blastpgp 1lfu_nr.blast podemos convertirlo a 1lfu_nr.html. Hay un ejemplo detallado en el Taller de (bio)perl.

• La suite Entrez Programming Utilities permite acceder de forma no interactiva a la información del NCBI por medio de una interfaz Perl, como se muestra en el Taller de (bio)perl.