BioPerl es un proyecto comunitario de código abierto que lleva ya más de una década produciendo aplicaciones escritas en Perl para la bioinformática, la genómica y las ciencias biológicas en general. El recurso bioinformático más llamativo hecho con Bioperl es probablemente la base de datos Ensembl.
Según rezaba la el tutorial de BioPerl:
Bioperl does provide reusable perl modules that facilitate writing perl scripts for sequence manipulation, accessing of databases using a range of data formats and execution and parsing of the results of various molecular biology programs including Blast, clustalw, TCoffee, genscan, ESTscan and HMMER. Consequently, bioperl enables developing scripts that can analyze large quantities of sequence data in ways that are typically difficult or impossible with web based systems.
El proyecto distribuye paquetes Perl (incluidos en CPAN) y tiene sus propios tutoriales. El listado completo de los módulos de Bioperl puedes encontrarlo aquí y ahí verás además documentación y ejemplos de cada módulo.
Con ayuda de Bioperl se pueden hacer con poca dificultad tareas complicadas, por lo que seguro que el tiempo que les dediquéis lo ganaréis en productividad.
Para instalar BioPerl en Linux lo más sencillo es instalarlo con el gestor de software de vuestro sistema (Synaptic en Ubuntu, por ejemplo), o seguir las instrucciones de BioPerl.
Desde este punto del curso os remito al taller de (bio)perl, para explorar entre otras cosas qué se puede hacer con BioPerl.